按结构型式分类，可分为卧式、立式和吊顶式;按用途特征分类，可分为通用机组、净化机组和专用机组(如屋顶机组、地铁用机组和计算机房专用机组等等);还可以按规格分类，机组的基本规格可用额定风量表示。
净化机组功能段的设置要根据生产工艺或洁净室要求确定，这是基本原则。净化机组功能段的合并及取舍要与空调房的设计紧密结合起来。
必须对净化机组中的微生物污染点进行控制,由于结构、温湿度较适宜细菌等微生物的滋长，净化机组的箱体、过滤器、消声器、加湿器等成了潜在的微生物污染点，必须对其进行控制。如机组箱体应无破损、无锈蚀、耐消毒、保温及密封性能好，可使用如在冰箱上已广泛应用的抗菌材料;过滤器性能指标符合要求,消声器、加湿器等不滞留可凝物,机组内经常清洗或消毒。